Jernejev kanal leži na območju naravne vrednote Sečoveljskih solin, ki je hkrati tudi del zavarovanega območja Natura 2000, zato zanj veljajo poseben varstveni režim in pravila ravnanja.

V obdobju med letoma 2003 in 2015 njegovo upravljanje ni bilo učinkovito, je računsko sodišče zapisalo v revizijskem poročilu. Pri reviziji poslovanja vlade, ministrstva za okolje in prostor, Občine Piran in družbe Soline Pridelava soli je namreč odkrilo pomembne nesmotrnosti.

Kot je opozorilo, je v kanalu na protipravno postavljene pomole in privezne boje nedovoljeno privezanih več sto plovil, med katerimi je precej zapuščenih, poškodovanih in tudi delno ali v celoti potopljenih.

Takšnega stanja sta se vlada in ministrstvo zavedala že vsaj od leta 2003, a v več kot 12 letih ni bilo storjeno ničesar. Ministrstvo v tem obdobju tudi ni izvedlo niti enega nadzora za odstranitev protipravno postavljenih pomolov, priveznih boj in plovil, prav tako ni ugotavljalo, kdaj so bili pomoli in privezne boje dejansko postavljeni ter ali obstajajo ustrezne pravne podlage za njihovo odstranitev.

Vsaj od leta 2009 je bilo ministrstvo seznanjeno tudi s tem, da je most preko Jernejevega kanala v zelo slabem stanju in ga je treba obnoviti. Ker ni ukrepalo, je inšpektorat za okolje in prostor most v začetku leta 2015 zaprl in družbi Soline odredil njegovo prenovo, čeprav bi morala biti zavezanec za to pravzaprav država. Načrtovanje in izvajanje aktivnosti vzdrževanja infrastrukture ni bilo učinkovito, so povzeli revizorji.

Družba Soline je sicer poskušala pravočasno in ustrezno poskrbeti za obnovo dotrajanega mostu in je izvajala vzdrževalna dela in intervencijske ukrepe na varovalnih nasipih, vendar pa je bilo njeno poslovanje po oceni računskega sodišča le delno učinkovito, saj je le v omejenem obsegu izvajala aktivnosti neposrednega nadzora.

Soline so za upravljanje parka, izvajanje javne službe urejanja voda in izvajanje programa vlade za odpravo posledic po poplavi leta 2008 v revidiranem obdobju skupaj prejele vsaj 14,3 milijona evrov proračunskih sredstev, pri čemer pa po oceni računskega sodišča upravljanje ministrstva s finančnimi sredstvi ni bilo ustrezno.

Piranski občini pa sodišče očita, da ni zagotovila ustreznih in zadostnih virov financiranja in tudi ni uspela najti investitorja, ki bi bil pripravljen poskrbeti za prostorsko ureditev območja Jernejevega kanala, ki jo je določila z odlokom že leta 2005.

Piranska občina se je sicer urejanja problematike Jernejevega kanala lotila v začetku tega leta. Lastnike je pozvala k odstranitvi zapuščenih plovil in prikolic, pridobila pa tudi idejno zasnovo za ureditev sprehajalne poti vzdolž kanala s privezi za manjša plovila ter izvedla nekatere raziskave in analize. Še letos namerava pridobiti tudi gradbeno dovoljenje, sicer pa so nadaljnji načrti z območjem odvisni od pridobitve nepovratnih sredstev.